福建省医学科学研究院是省属医学科研机构。主要从事免疫、药物、药理、基因工程、医学情报等医学基础和应用研究以及《福建医药杂志》编辑出版工作。其中，医学测试中心是省级重点实验室，为全省的医学科研项目提供定性、定量分析和临床检测服务。
以研究院雄厚的科研力量为技术支撑设立的门诊部是非营利性医疗机构，省、市医保定点单位。研究院多年积累的科研成果应用于门诊部临床实践，形成了门诊部的特色和优势。
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